申請適用產業創新條例之研究發展支出投資抵減稅額，應注意相關申請程序及申報時擇定以「抵減率15%、抵減年限1年」或「抵減率10%、抵減年限3年」方式抵減。申請程序為應向中央目的事業主管機關(如經濟部工業局)申請，主管機關會就其資格條件及當年度研究發展活動是否具有高度創新等條件提供審查意見，並應於當年度結算申報期間屆滿前，依規定格式填報及檢附相關文件，始可符合適用租稅優惠資格
向中央目的事業主管機關申請審查之期限，是在辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月至申報期間截止日內（以107年度採曆年制的公司為例，申請期間為108年2月1日至108年5月31日），同時應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報損益表之投資抵減稅額欄位(95欄)、未分配盈餘申報書之投資抵減稅額欄位(24欄)、租稅減免附冊(第A10-1頁及第A15-2頁)及檢附相關文件，送請公司或有限合夥事業所在地之國稅局核定其投資抵減稅額。如填報的資料有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正，逾期未補正者，國稅局將不予受理。特別提醒，如未依限申請審查及申報時未依規定格式填報，將會喪失享受投資抵減稅額權益
於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，得選擇以「抵減率15%、抵減年限1年」或「抵減率10%、抵減年限3年」方式，於不超過當年度應納營利事業所得稅額30%限額內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，抵減方式一經擇定，在當年度結算申報期間屆滿後不得變更。因此，營利事業在申報時要審慎選擇抵減率，以免損失抵減稅額
公司或有限合夥事業申請適用研究發展支出投資抵減稅額有三大注意重點，首先，應注意於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月至申報期間截止日內向中央目的事業主管機關申請審查，並且應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報。再者，審慎選擇抵減方式，一經擇定在申報期間屆滿後不得變更
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