總機構在中華民國境內營利事業取自境外之所得，如果是依租稅協定屬他方締約國免予課稅之所得（如：營業利潤），或為適用上限稅率之所得（如：股利、利息及權利金收入），營利事業因未適用租稅協定相關規定而溢繳之國外稅額，無法自當年度營利事業所得稅結算申報之應納稅額中扣除。 依所得稅法第3條第2項規定，營利事業總機構在中華民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。但其來自中華民國境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得自其全部營利事業所得稅結算應納稅額中扣抵，扣抵之數，不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。
另外，依所得稅協定查核準則第26條第2項規定，依所得稅協定規定屬於他方締約國免予課稅之所得或訂有上限稅率之所得，不得申報扣抵其因未適用所得稅協定而溢繳之國外稅額。所以，該溢繳之國外稅額，營利事業可向所得來源國申請適用租稅協定後，要求退還
案例:A公司106年度營所稅申報取得日本子公司權利金500萬元及境外扣繳稅額100萬元（500萬元×20%扣繳稅率）。惟依據我國與日本簽署之租稅協定規定，該權利金之上限稅率為10%，故A公司106年度收取權利金應扣繳稅額為50萬元，其因未適用所得稅協定而溢繳之國外稅額50萬元（已扣繳稅額100萬元- 應扣繳稅額50萬元）不得申報扣抵106年度營所稅應納稅額；A公司因加計該筆國外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額85萬元（權利金500萬元×17%）減除適用租稅協定應納之國外稅額50萬元，應補徵稅額35萬元，至於A公司溢繳之國外稅額，可向A公司所在地稽徵機關申請居住者證明，再憑向日本申請依租稅協定適用較低稅率。#申請租稅協定適用較低稅率
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