機關團體結算後若支出未達收入60%，且結餘款超過新臺幣50萬元者，須向主管機關提出結餘經費保留計畫申請，經主管機關同意後，始有免納所得稅之適用。 依據「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」（以下稱「免稅標準」）規定，機關團體符合一定條件者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅。 機關團體財務收支應給與、取得及保存合法之憑證，有完備之會計紀錄，其當年度用於與創設目的有關活動的支出，須達各項收入60%，始符合免納所得稅條件。機關團體107年度結算後，支出如未達收入60%，且結餘款超過新臺幣50萬元者，依免稅標準規定，應擬具結餘經費使用計畫，就該結餘款編列用於108年度起4年（即108至111年度）內與其創設目的有關活動支出，向目的事業主管機關申請結餘經費保留使用，主管機關查明使用計畫與創設目的有關並同意後，107年度始得免納所得稅。 機關團體經主管機關查明同意的使用計畫支出項目、金額或期間有變更者，最遲應於原使用計畫期間屆滿之次日起3個月內，報經主管機關變更結餘經費使用計畫變更前、後之使用計畫所定結餘款用於與創設目的有關活動支出之期間合計仍以4年為限。
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